Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 4

Odmianę liczby kopii wykryto w 18 z 417 analizowanych próbek i obejmowało -7 (u 7 pacjentów), del (13q) (u 2 pacjentów) i innych (u 10 pacjentów) (ryc. S4 w dodatkowym dodatku). Przy użyciu obu platform, klonalną hematopoezę zidentyfikowano u 47% pacjentów. Mutacje genu kandydata w niedokrwistości aplastycznej podsumowywały te w syndromach mielodysplastycznych, AML lub obu w odniesieniu do rozmieszczenia pozycyjnego i silnego odchylenia w kierunku nonsensu, zmiany ramki odczytu i zmian w miejscu splicingu (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). , średnie obciążenie alleliczne mutacji w niedokrwistości aplastycznej było znacznie niższe niż w zespołach mielodysplastycznych (9,3% w porównaniu z 30,4%) (ryc. S5B i S5C w dodatkowym dodatku) .20 Chociaż mutacje DNMT3A i ASXL1 były częste zarówno w niedokrwistości aplastycznej w zespołach mielodysplastycznych i AML zaobserwowaliśmy nadreprezentację mutacji PIGA i BCOR i BCORL1 oraz niedostateczną reprezentację mutacji w TET2, genach czynnika splicingowego, JAK2, RUNX1 i TP53 w niedokrwistości aplastycznej, w porównaniu z zespołami mielodysplastycznymi; sugerowało to dyskretne mechanizmy selekcji klonów w niedokrwistości aplastycznej. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 4”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 3

Zastosowano wiele modeli regresji logistycznej i modeli proporcjonalnego hazardu Coxa w celu oceny mutacji w zestawach genów i konkurencyjnych czynnikach ryzyka (patrz Dodatek dodatkowy). Pełne szczegóły analizy statystycznej znajdują się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku. Wyniki
Ukierunkowane sekwencjonowanie i Karyotypowanie w macierzy SNP
Ryc. 1. Ryc. 1. Mutacje somatyczne identyfikowane za pomocą ukierunkowanej sekwencjonowania. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 3”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 2

Jednak pochodzenie, znaczenie i dynamika klonów hematopoezy w niedokrwistości aplastycznej oraz jej związek z rozwojem zespołów mielodysplastycznych, AML lub obydwu, nie zostały określone. Klonalność przed rozwojem nowotworu i tym samym wczesne zdarzenia w co najmniej jednej postaci białaczki można badać u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną. Wykorzystaliśmy próbki uzyskane od trzech instytucji, które specjalizują się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego, aby przeprowadzić ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie genów zaangażowanych w zespoły mielodysplastyczne, AML lub oba, z korelacją klonalnych populacji zmutowanych komórek z wynikami klinicznymi. W wybranych przypadkach wykorzystaliśmy sekwencjonowanie całego egzonu, aby scharakteryzować hematopoetyczną architekturę klonalną u pacjentów w czasie.
Metody
Projekt badania
Do badania zakwalifikowano 439 pacjentów z niedokrwistością aplastyczną z trzech ośrodków specjalizujących się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego: 256 pacjentów z National Institutes of Health (NIH), 24 pacjentów z Cleveland Clinic i 159 pacjentów z Uniwersytetu Kanazawa (ryc. S1 i tabele S1 i S2 w dodatkowym dodatku, dostępne wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie). Krew, szpik kostny i próbki policzkowe otrzymano od pacjentów po otrzymaniu pisemnej świadomej zgody zgodnie z protokołami zatwierdzonymi przez instytucjonalną komisję odwoławczą w każdej z trzech instytucji. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 2”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej

U pacjentów z nabytą anemią aplastyczną zniszczenie komórek krwiotwórczych przez układ odpornościowy prowadzi do pancytopenii. Pacjenci mają odpowiedź na leczenie immunosupresyjne, ale zespoły mielodysplastyczne i ostra białaczka szpikowa rozwijają się u około 15% pacjentów, zwykle od wielu miesięcy do lat po rozpoznaniu niedokrwistości aplastycznej. Metody
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie nowej generacji i kariotypowanie oparte na macierzy z wykorzystaniem 668 próbek krwi pobranych od 439 pacjentów z niedokrwistością aplastyczną. Przeanalizowaliśmy próbki seryjne uzyskane od 82 pacjentów.
Wyniki
Mutacje somatyczne w genach kandydujących na raka kręgosłupa występowały u jednej trzeciej pacjentów, w ograniczonej liczbie genów i przy niskiej początkowej częstości alleli. Hemopoezę klonalną wykryto u 47% pacjentów, najczęściej jako nabyte mutacje. Częstość występowania mutacji wzrosła wraz z wiekiem, a mutacje miały sygnaturę związaną z wiekiem. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej”

Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności

Standardową terapią dla kobiet z niewyjaśnioną bezpłodnością jest gonadotropina lub cytrynian klomifenu. Stwierdzono, że stymulacja jajników za pomocą letrozolu zmniejsza liczbę ciąż z jednoczesnym utrzymaniem wskaźnika urodzeń żywych. Metody
Zapisaliśmy pary z niewyjaśnioną niepłodnością w wieloośrodkowym, randomizowanym badaniu. Owulacyjne kobiety w wieku 18 do 40 lat z co najmniej jedną jajowatą probówką losowo przydzielono do stymulacji jajników (do czterech cykli) z gonadotropiną (301 kobiet), klomifenem (300) lub letrozolem (299). Pierwszorzędowym wynikiem była częstość występowania wielu ciąż u kobiet w ciąży klinicznej.
Wyniki
Po leczeniu gonadotropiną, klomifenem lub letrozolem ciąże kliniczne wystąpiły w 35,5%, 28,3% i 22,4% cykli, a żywe – odpowiednio u 32,2%, 23,3% i 18,7%; Częstość występowania ciąż z letrozolem była istotnie niższa niż w przypadku standardowej terapii (gonadotropina lub klomifen) (P = 0,003) lub samej gonadotropiny (P <0,001), ale nie w przypadku samego klomifenu (p = 0,10). Wśród trwających ciąż z płodową aktywnością serca częstość występowania ciąży mnogiej u letrozolu (9 z 67 ciąż, 13%) nie różniła się istotnie od częstości stosowania gonadotropiny lub klomifenu (42 z 192, 22%, P = 0,15) lub samego klomifenu ( 8 z 85, 9%, P = 0,44), ale był niższy niż w przypadku samej gonadotropiny (34 z 107, 32%, P = 0,006). Continue reading „Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 9

Po drugie, nasze wyniki pokazują paralele między niewydolnością szpiku kostnego a normalnym procesem starzenia się układu krwiotwórczego. Charakterystyczna sygnatura mutacji i korelacja mutacji z wiekiem pacjenta sugerują zależną od wieku, spontaniczną konwersję metylowanej cytozyny (mC) na tymidynę w miejscach mCpG31 jako główne źródło zmian nukleotydów w niedokrwistości aplastycznej.32 Podobne mutacje konwersji C-to-T kumulują się w hematopoetycznych przodkach u osób zdrowych (ryc. S11 w dodatkowym dodatku) .23-25 Hemopoeza klonalna związana z wiekiem, wykrywana za pomocą kariotypowania macierzy SNP33,34 i sekwencjonowania egzonu, 24,25,35 została zidentyfikowana w do 3 odsetek pacjentów z nowotworami niehematologicznymi iu osób zdrowych wykazał silną korelację z wiekiem i wiązał się z wyższym ryzykiem rozwoju kolejnych nowotworów hematologicznych.24,25,33-36 Mutacje pojawiały się zwykle przy niskiej częstości alleli wariantowych, były przeważnie konwersjami C-to-T i obejmowały wspólne cele mutacyjne w rakach mieloidalnych, 24,25,33-36 co sugeruje, że pochodzenie i selekcja klonalna tych mutacji są podobne do w niedokrwistości aplastycznej. Częstość występowania hematopoezy klonalnej była znacznie wyższa u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną, a mutacje BCOR i BCORL1 i PIGA były nadreprezentowane, podczas gdy TET2 i JAK2 były rzadko mutowane, co sugeruje, że odrębne mechanizmy selekcji klonalnej działają w środowisku aplastycznego szpiku kostnego. Niemniej jednak, nabywanie specyficznych mutacji (wykrywanych za pomocą sekwencjonowania kandydującego genu), zwiększone obciążenie mutacyjne w dominujących klonach (wykrywane za pomocą sekwencjonowania całego egzomu) i przyspieszone ścieranie telomerów poprzedzające rozwój zespołów mielodysplastycznych, AML lub obu 37 sugerują wspólny mechanizm łączący starzenie się genomu w niewydolności szpiku kostnego z tym u zdrowych osób w podeszłym wieku.
Po trzecie, specyficzne mutacje prawdopodobnie mają znaczenie funkcjonalne, 38, 39, ale dokładny mechanizm selekcji zmutowanych komórek w niedokrwistości aplastycznej jest niejasny. Komórki zawierające mutacje DNMT3A lub ASXL1 mogą preferencyjnie odnawiać się zamiast różnicować w odpowiedzi na sygnały zewnętrzne, które są szczególnie obfite w przypadku niewydolności szpiku kostnego. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 9”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 8

Połączone wyniki wszystkich testów, które wykorzystaliśmy, wykazały, że około połowa pacjentów z niedokrwistością aplastyczną w badaniu wykazała ekspansję klonów komórek hematopoetycznych, a około jedna trzecia uzyskała mutacje w genach kandydujących na zespoły mielodysplastyczne, AML lub oba. Wyniki te mają wpływ na niewydolność szpiku kostnego, wczesne zdarzenia w leukemogenezie oraz na normalne starzenie. Klonowa hematopoeza w niedokrwistości aplastycznej objawiała się najczęściej jako mutacje somatyczne w bardzo niewielu powszechnych genach sterujących (DNMT3A, ASXL1 i BCOR i BCORL1) dla zespołów mielodysplastycznych, AML lub obu. Nasze wyniki są zgodne z wynikami ostatnich badań26-28, w których sekwencjonowanie ukierunkowane na kandydata-genu wykazało również nawracające mutacje w podobnym spektrum genów. W pierwszym badaniu mutacje opisano jako rzadkie, ale 2 z 39 pacjentów miało mutacje z niską częstością wariancji alleli w ASXL1, a miało mutację DNMT3A. 26 W dwóch badaniach27, 28, w których próbki uzyskano w różnych czasach po rozpoznaniu, mutacje w ASXL1, DNMT3A i BCOR przeważały u 19% pacjentów obserwowanych w King s College Hospital w Londynie (próbki uzyskano stosunkowo późno po diagnozie) i były rzadkie w niemieckim badaniu, w którym mutacje w zespole mielodysplastycznym wykryto u 2 z 38 pacjentów ( mutacje o niskiej częstości alleli wariantowych zostały wykluczone).
W porównaniu z tymi ostatnimi badaniami nasz zestaw danych był większy i obejmował bardziej spójne gromadzenie próbek w określonych punktach czasowych w trakcie choroby. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 8”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 7

Otrzymany zabieg pokazany jest u dołu każdego panelu. CR oznacza całkowitą odpowiedź, cyklosporynę CsA, globulinę antytobocytową końskiego hATG, brak odpowiedzi NR, odpowiedź częściową PR i globulę antytio-globocytową rATG królika. Gwiazdki wskazują próbki, które nie były używane w sekwencjonowaniu całego egzema. Panel D pokazuje chronologiczną historię ewolucji klonalnej od początku choroby do ostatniej obserwacji w Pacjentce NIH075. Każdy zmutowany gen jest przedstawiony w reprezentatywnych komórkach. Oś pionowa wskazuje absolutną objętość klonów. Pokazano także reprezentatywne mutacje w każdym klonie. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 7”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 6

Czynniki ryzyka związane ze słabym całkowitym przeżyciem. Od wieków skorelowanych z obecnością mutacji i jest znanym czynnikiem ryzyka słabego całkowitego przeżycia u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną, 22 zastosowano model proporcjonalnego hazardu Coxa w celu określenia, czy mutacje były niezależne. czynniki ryzyka (tabela 1). Korzystne mutacje somatyczne wiązały się z dobrym całkowitym przeżyciem (model 1), a niekorzystne mutacje, starszy wiek, płeć męska i niższa początkowa liczba retikulocytów były związane ze słabym całkowitym przeżyciem (model 2). Na całkowity czas przeżycia wśród młodszych pacjentów szczególnie wpłynęła obecność niekorzystnych mutacji (rysunek 2D i ryc. S8 w dodatkowym dodatku). Chronologia architektury klonów w niedokrwistości aplastycznej
Wykorzystaliśmy sekwencjonowanie całego eksonu do określenia hematopoezy klonalnej w czasie. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 6”

Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności AD 6

Częstość wielokrotnych ciąż w grupie letrozolu była istotnie niższa niż w samej grupie gonadotropin, ale była podobna do częstości w grupie klomifenu; w porównaniu z gonadotropiną, klomifen również dawał znacznie niższą masę ciąż mnogich. Jedynymi wyższymi kolejnymi ciążami (wszystkie trojaczki) występowały po podaniu gonadotropiny. Podawanie letrozolu powodowało częstość poczęcia, ciążę kliniczną i żywe narodziny, które były statystycznie nie gorsze od wskaźników z klomifenem, zgodnie z naszym wcześniej określonym marginesem nierówności wynoszącym 25%. Jednak klomifen i letrozol skutkowały znacznie niższym odsetkiem poczęcia, ciąży klinicznej i żywego porodu w porównaniu z gonadotropiną. W przeciwieństwie do tego, wiele doniesień z literatury sugeruje podobny lub poprawiony wskaźnik ciąż z inhibitorem aromatazy w porównaniu ze standardową terapią.12-14,16-18,25. Możliwe wyjaśnienia dla tych sprzecznych wyników mogą stanowić losowy projekt naszego badania nasze standardowe kryteria czasu podawania gonadotropin, standaryzowany czas inseminacji we wszystkich grupach terapeutycznych lub pewna kombinacja tych czynników.
Współczynnik urodzeń żywych wśród kobiet otrzymujących klomifen w tym badaniu był nieco wyższy niż wskaźnik obserwowany po podaniu klomifenu w badaniu Ciąża w cyklu Reproductive Medicine Network w badaniu Polycystic Ovarian Syndrome II (PPCOS II) 11, w którym uczestniczyły kobiety z niepłodnością z powodu zespołu policystycznych jajników. Continue reading „Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności AD 6”