Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 4

Odmianę liczby kopii wykryto w 18 z 417 analizowanych próbek i obejmowało -7 (u 7 pacjentów), del (13q) (u 2 pacjentów) i innych (u 10 pacjentów) (ryc. S4 w dodatkowym dodatku). Przy użyciu obu platform, klonalną hematopoezę zidentyfikowano u 47% pacjentów. Mutacje genu kandydata w niedokrwistości aplastycznej podsumowywały te w syndromach mielodysplastycznych, AML lub obu w odniesieniu do rozmieszczenia pozycyjnego i silnego odchylenia w kierunku nonsensu, zmiany ramki odczytu i zmian w miejscu splicingu (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). , średnie obciążenie alleliczne mutacji w niedokrwistości aplastycznej było znacznie niższe niż w zespołach mielodysplastycznych (9,3% w porównaniu z 30,4%) (ryc. S5B i S5C w dodatkowym dodatku) .20 Chociaż mutacje DNMT3A i ASXL1 były częste zarówno w niedokrwistości aplastycznej w zespołach mielodysplastycznych i AML zaobserwowaliśmy nadreprezentację mutacji PIGA i BCOR i BCORL1 oraz niedostateczną reprezentację mutacji w TET2, genach czynnika splicingowego, JAK2, RUNX1 i TP53 w niedokrwistości aplastycznej, w porównaniu z zespołami mielodysplastycznymi; sugerowało to dyskretne mechanizmy selekcji klonów w niedokrwistości aplastycznej. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 4”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 3

Zastosowano wiele modeli regresji logistycznej i modeli proporcjonalnego hazardu Coxa w celu oceny mutacji w zestawach genów i konkurencyjnych czynnikach ryzyka (patrz Dodatek dodatkowy). Pełne szczegóły analizy statystycznej znajdują się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku. Wyniki
Ukierunkowane sekwencjonowanie i Karyotypowanie w macierzy SNP
Ryc. 1. Ryc. 1. Mutacje somatyczne identyfikowane za pomocą ukierunkowanej sekwencjonowania. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 3”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 2

Jednak pochodzenie, znaczenie i dynamika klonów hematopoezy w niedokrwistości aplastycznej oraz jej związek z rozwojem zespołów mielodysplastycznych, AML lub obydwu, nie zostały określone. Klonalność przed rozwojem nowotworu i tym samym wczesne zdarzenia w co najmniej jednej postaci białaczki można badać u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną. Wykorzystaliśmy próbki uzyskane od trzech instytucji, które specjalizują się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego, aby przeprowadzić ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie genów zaangażowanych w zespoły mielodysplastyczne, AML lub oba, z korelacją klonalnych populacji zmutowanych komórek z wynikami klinicznymi. W wybranych przypadkach wykorzystaliśmy sekwencjonowanie całego egzonu, aby scharakteryzować hematopoetyczną architekturę klonalną u pacjentów w czasie.
Metody
Projekt badania
Do badania zakwalifikowano 439 pacjentów z niedokrwistością aplastyczną z trzech ośrodków specjalizujących się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego: 256 pacjentów z National Institutes of Health (NIH), 24 pacjentów z Cleveland Clinic i 159 pacjentów z Uniwersytetu Kanazawa (ryc. S1 i tabele S1 i S2 w dodatkowym dodatku, dostępne wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie). Krew, szpik kostny i próbki policzkowe otrzymano od pacjentów po otrzymaniu pisemnej świadomej zgody zgodnie z protokołami zatwierdzonymi przez instytucjonalną komisję odwoławczą w każdej z trzech instytucji. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 2”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej

U pacjentów z nabytą anemią aplastyczną zniszczenie komórek krwiotwórczych przez układ odpornościowy prowadzi do pancytopenii. Pacjenci mają odpowiedź na leczenie immunosupresyjne, ale zespoły mielodysplastyczne i ostra białaczka szpikowa rozwijają się u około 15% pacjentów, zwykle od wielu miesięcy do lat po rozpoznaniu niedokrwistości aplastycznej. Metody
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie nowej generacji i kariotypowanie oparte na macierzy z wykorzystaniem 668 próbek krwi pobranych od 439 pacjentów z niedokrwistością aplastyczną. Przeanalizowaliśmy próbki seryjne uzyskane od 82 pacjentów.
Wyniki
Mutacje somatyczne w genach kandydujących na raka kręgosłupa występowały u jednej trzeciej pacjentów, w ograniczonej liczbie genów i przy niskiej początkowej częstości alleli. Hemopoezę klonalną wykryto u 47% pacjentów, najczęściej jako nabyte mutacje. Częstość występowania mutacji wzrosła wraz z wiekiem, a mutacje miały sygnaturę związaną z wiekiem. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej”

Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności

Standardową terapią dla kobiet z niewyjaśnioną bezpłodnością jest gonadotropina lub cytrynian klomifenu. Stwierdzono, że stymulacja jajników za pomocą letrozolu zmniejsza liczbę ciąż z jednoczesnym utrzymaniem wskaźnika urodzeń żywych. Metody
Zapisaliśmy pary z niewyjaśnioną niepłodnością w wieloośrodkowym, randomizowanym badaniu. Owulacyjne kobiety w wieku 18 do 40 lat z co najmniej jedną jajowatą probówką losowo przydzielono do stymulacji jajników (do czterech cykli) z gonadotropiną (301 kobiet), klomifenem (300) lub letrozolem (299). Pierwszorzędowym wynikiem była częstość występowania wielu ciąż u kobiet w ciąży klinicznej.
Wyniki
Po leczeniu gonadotropiną, klomifenem lub letrozolem ciąże kliniczne wystąpiły w 35,5%, 28,3% i 22,4% cykli, a żywe – odpowiednio u 32,2%, 23,3% i 18,7%; Częstość występowania ciąż z letrozolem była istotnie niższa niż w przypadku standardowej terapii (gonadotropina lub klomifen) (P = 0,003) lub samej gonadotropiny (P <0,001), ale nie w przypadku samego klomifenu (p = 0,10). Wśród trwających ciąż z płodową aktywnością serca częstość występowania ciąży mnogiej u letrozolu (9 z 67 ciąż, 13%) nie różniła się istotnie od częstości stosowania gonadotropiny lub klomifenu (42 z 192, 22%, P = 0,15) lub samego klomifenu ( 8 z 85, 9%, P = 0,44), ale był niższy niż w przypadku samej gonadotropiny (34 z 107, 32%, P = 0,006). Continue reading „Letrozol, Gonadotropina lub Clomiphene w przypadku nieprzewidzianej niepłodności”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 9

Po drugie, nasze wyniki pokazują paralele między niewydolnością szpiku kostnego a normalnym procesem starzenia się układu krwiotwórczego. Charakterystyczna sygnatura mutacji i korelacja mutacji z wiekiem pacjenta sugerują zależną od wieku, spontaniczną konwersję metylowanej cytozyny (mC) na tymidynę w miejscach mCpG31 jako główne źródło zmian nukleotydów w niedokrwistości aplastycznej.32 Podobne mutacje konwersji C-to-T kumulują się w hematopoetycznych przodkach u osób zdrowych (ryc. S11 w dodatkowym dodatku) .23-25 Hemopoeza klonalna związana z wiekiem, wykrywana za pomocą kariotypowania macierzy SNP33,34 i sekwencjonowania egzonu, 24,25,35 została zidentyfikowana w do 3 odsetek pacjentów z nowotworami niehematologicznymi iu osób zdrowych wykazał silną korelację z wiekiem i wiązał się z wyższym ryzykiem rozwoju kolejnych nowotworów hematologicznych.24,25,33-36 Mutacje pojawiały się zwykle przy niskiej częstości alleli wariantowych, były przeważnie konwersjami C-to-T i obejmowały wspólne cele mutacyjne w rakach mieloidalnych, 24,25,33-36 co sugeruje, że pochodzenie i selekcja klonalna tych mutacji są podobne do w niedokrwistości aplastycznej. Częstość występowania hematopoezy klonalnej była znacznie wyższa u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną, a mutacje BCOR i BCORL1 i PIGA były nadreprezentowane, podczas gdy TET2 i JAK2 były rzadko mutowane, co sugeruje, że odrębne mechanizmy selekcji klonalnej działają w środowisku aplastycznego szpiku kostnego. Niemniej jednak, nabywanie specyficznych mutacji (wykrywanych za pomocą sekwencjonowania kandydującego genu), zwiększone obciążenie mutacyjne w dominujących klonach (wykrywane za pomocą sekwencjonowania całego egzomu) i przyspieszone ścieranie telomerów poprzedzające rozwój zespołów mielodysplastycznych, AML lub obu 37 sugerują wspólny mechanizm łączący starzenie się genomu w niewydolności szpiku kostnego z tym u zdrowych osób w podeszłym wieku.
Po trzecie, specyficzne mutacje prawdopodobnie mają znaczenie funkcjonalne, 38, 39, ale dokładny mechanizm selekcji zmutowanych komórek w niedokrwistości aplastycznej jest niejasny. Komórki zawierające mutacje DNMT3A lub ASXL1 mogą preferencyjnie odnawiać się zamiast różnicować w odpowiedzi na sygnały zewnętrzne, które są szczególnie obfite w przypadku niewydolności szpiku kostnego. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 9”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 8

Połączone wyniki wszystkich testów, które wykorzystaliśmy, wykazały, że około połowa pacjentów z niedokrwistością aplastyczną w badaniu wykazała ekspansję klonów komórek hematopoetycznych, a około jedna trzecia uzyskała mutacje w genach kandydujących na zespoły mielodysplastyczne, AML lub oba. Wyniki te mają wpływ na niewydolność szpiku kostnego, wczesne zdarzenia w leukemogenezie oraz na normalne starzenie. Klonowa hematopoeza w niedokrwistości aplastycznej objawiała się najczęściej jako mutacje somatyczne w bardzo niewielu powszechnych genach sterujących (DNMT3A, ASXL1 i BCOR i BCORL1) dla zespołów mielodysplastycznych, AML lub obu. Nasze wyniki są zgodne z wynikami ostatnich badań26-28, w których sekwencjonowanie ukierunkowane na kandydata-genu wykazało również nawracające mutacje w podobnym spektrum genów. W pierwszym badaniu mutacje opisano jako rzadkie, ale 2 z 39 pacjentów miało mutacje z niską częstością wariancji alleli w ASXL1, a miało mutację DNMT3A. 26 W dwóch badaniach27, 28, w których próbki uzyskano w różnych czasach po rozpoznaniu, mutacje w ASXL1, DNMT3A i BCOR przeważały u 19% pacjentów obserwowanych w King s College Hospital w Londynie (próbki uzyskano stosunkowo późno po diagnozie) i były rzadkie w niemieckim badaniu, w którym mutacje w zespole mielodysplastycznym wykryto u 2 z 38 pacjentów ( mutacje o niskiej częstości alleli wariantowych zostały wykluczone).
W porównaniu z tymi ostatnimi badaniami nasz zestaw danych był większy i obejmował bardziej spójne gromadzenie próbek w określonych punktach czasowych w trakcie choroby. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 8”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 7

Otrzymany zabieg pokazany jest u dołu każdego panelu. CR oznacza całkowitą odpowiedź, cyklosporynę CsA, globulinę antytobocytową końskiego hATG, brak odpowiedzi NR, odpowiedź częściową PR i globulę antytio-globocytową rATG królika. Gwiazdki wskazują próbki, które nie były używane w sekwencjonowaniu całego egzema. Panel D pokazuje chronologiczną historię ewolucji klonalnej od początku choroby do ostatniej obserwacji w Pacjentce NIH075. Każdy zmutowany gen jest przedstawiony w reprezentatywnych komórkach. Oś pionowa wskazuje absolutną objętość klonów. Pokazano także reprezentatywne mutacje w każdym klonie. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 7”

Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 6

Czynniki ryzyka związane ze słabym całkowitym przeżyciem. Od wieków skorelowanych z obecnością mutacji i jest znanym czynnikiem ryzyka słabego całkowitego przeżycia u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną, 22 zastosowano model proporcjonalnego hazardu Coxa w celu określenia, czy mutacje były niezależne. czynniki ryzyka (tabela 1). Korzystne mutacje somatyczne wiązały się z dobrym całkowitym przeżyciem (model 1), a niekorzystne mutacje, starszy wiek, płeć męska i niższa początkowa liczba retikulocytów były związane ze słabym całkowitym przeżyciem (model 2). Na całkowity czas przeżycia wśród młodszych pacjentów szczególnie wpłynęła obecność niekorzystnych mutacji (rysunek 2D i ryc. S8 w dodatkowym dodatku). Chronologia architektury klonów w niedokrwistości aplastycznej
Wykorzystaliśmy sekwencjonowanie całego eksonu do określenia hematopoezy klonalnej w czasie. Continue reading „Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 6”

Kontrola malarii – adresowanie wyzwań do ambitnych celów ad

Aby powstrzymać oporność na artemizynę, konieczne będzie zrozumienie ruchu człowieka, ograniczenie stosowania nieuregulowanych preparatów i dawek leków oraz ponowne przemyślenie nieefektywnej polityki kontroli przenoszenia się malarii. Rozpoczęto intensywną kampanię koordynowaną przez Światową Organizację Zdrowia w celu powstrzymania oporności na artemizynę. Plan powstrzymywania obejmuje szybkie wdrożenie skutecznego leku na artemisyninę w połączeniu z intensywnym wysiłkiem w celu wykrycia i szybkiego leczenia wszystkich infekcji malarią. Rozprzestrzenianie się sieci do zwalczania insektycydów w celu zmniejszenia transmisji i przesiewu malarii oraz leczenia imigrantów zostanie zintensyfikowane, a bardziej rozbudowane mapowanie granic geograficznych odpornych pasożytów zostanie zwiększone.
Modelowanie przeprowadzone przez Maude i wsp. Continue reading „Kontrola malarii – adresowanie wyzwań do ambitnych celów ad”