Mutacje somatyczne i hematopoeza klonów w niedokrwistości aplastycznej AD 2

Jednak pochodzenie, znaczenie i dynamika klonów hematopoezy w niedokrwistości aplastycznej oraz jej związek z rozwojem zespołów mielodysplastycznych, AML lub obydwu, nie zostały określone. Klonalność przed rozwojem nowotworu i tym samym wczesne zdarzenia w co najmniej jednej postaci białaczki można badać u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną. Wykorzystaliśmy próbki uzyskane od trzech instytucji, które specjalizują się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego, aby przeprowadzić ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie genów zaangażowanych w zespoły mielodysplastyczne, AML lub oba, z korelacją klonalnych populacji zmutowanych komórek z wynikami klinicznymi. W wybranych przypadkach wykorzystaliśmy sekwencjonowanie całego egzonu, aby scharakteryzować hematopoetyczną architekturę klonalną u pacjentów w czasie.
Metody
Projekt badania
Do badania zakwalifikowano 439 pacjentów z niedokrwistością aplastyczną z trzech ośrodków specjalizujących się w leczeniu pacjentów z niewydolnością szpiku kostnego: 256 pacjentów z National Institutes of Health (NIH), 24 pacjentów z Cleveland Clinic i 159 pacjentów z Uniwersytetu Kanazawa (ryc. S1 i tabele S1 i S2 w dodatkowym dodatku, dostępne wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie). Krew, szpik kostny i próbki policzkowe otrzymano od pacjentów po otrzymaniu pisemnej świadomej zgody zgodnie z protokołami zatwierdzonymi przez instytucjonalną komisję odwoławczą w każdej z trzech instytucji. DNA linii komórkowej było dostępne z limfocytów T CD3 + uzyskanych od pacjentów z Kliniki NIH i Cleveland oraz z rozmazów policzkowych uzyskanych od 22 pacjentów z Uniwersytetu Kanazawa. Seryjnie uzyskane próbki były dostępne od 82 pacjentów. Łącznie przeanalizowano 668 próbek krwi. Kryteria rozpoznania, nasilenia choroby, odpowiedzi na leczenie immunosupresyjne i nawrotu zostały opisane wcześniej. Dla kohorty NIH, na protokół, ewolucja klonalna do zespołów mielodysplastycznych lub AML została zdefiniowana jako identyfikacja nieprawidłowości chromosomowych za pomocą kariotypowania metafazowego, obecność jawnej morfologicznej dysplazji lub zwiększenie poziomu komórek CD34 + wykrytych podczas badania szpiku kostnego.
Ostatni dwóch autorów zaprojektowało badanie, a pięciu autorów zebrało dane. Dwóch ostatnich autorów ręczy za integralność i kompletność danych i analiz oraz wierność badania do protokołu. Dane sekwencjonowania i genotypu z badania zostały zdeponowane w Europejskim Archiwum Genomu i Phenome pod numerem dostępu EGAS00001001153.
Sekwencjonowanie DNA i macierz polimorfizmu pojedynczego nukleotydu
Metody uprzedniego sekwencjonowania i ukierunkowanego sekwencjonowania oraz polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) – kariotypowanie zostały przedstawione wcześniej 10-12 (patrz Dodatek dodatkowy). Panel 106 genów do ukierunkowanego sekwencjonowania obejmował większość genów, o których wiadomo, że są zmutowane w raku szpikowym, a także PIGA (tabela S3 w dodatkowym dodatku). Średnia głębokość dla ukierunkowanego sekwencjonowania wynosiła 1248 ×, a średnia głębokość sekwencjonowania całego egzomu wynosiła 112 × (tabela S4 w dodatkowym dodatku). Mutacje somatyczne wykrywano przy użyciu progu częstotliwości wynoszącego 0,07 (sekwencjonowanie całego egzenu) lub 0,02 (sekwencjonowanie celowane) dla wariantowej częstości alleli i indywidualnie potwierdzano za pomocą głębokiego sekwencjonowania celów amplifikowanych za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (z ocena konkretnych odczynu wariantu u zdrowych osób, jeśli to możliwe).
Analiza statystyczna
Losowe lasy przetrwania13 i penalizowane podejście do zmienności selekcji14 zostały użyte do identyfikacji podgrup zmutowanych genów, które korelowały z wynikami klinicznymi
[hasła pokrewne: anty hcv cena, lekarz rodzinny poznan, hipertonia ]

Powiązane tematy z artykułem: anty hcv cena hipertonia lekarz rodzinny poznan